A região era habitada por índios Caingangues e Guaranis quando chegaram os primeiros habitantes brancos.

Os primeiros moradores foi José Muliterno e sua família, italianos de Nápoles que chegaram ao Brasil por volta de 1870 no Paraná e depois seguiram para a região onde hoje está a cidade de Muliterno. Seguido deles, vieram o Coronel Libório Pimentel, Antonio Schepo, Belmiro Refosco, Reinaldo Demichelli e Casemiro Pitton.

O topônimo é em homenagem aos primeiros moradores.

Formação istrativa 6c1845

Distrito criado com a denominação de Muliterno, pela Lei Estadual n.º 957, 10-11-1961, subordinado ao município de o Fundo.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o distrito de Muliterno, figura no município de o Fundo.

Pela Lei Estadual n.º 5.195, de 28-12-1965, o distrito de Muliterno, foi transferido do município de o Fundo para constituir o novo município de Ciríaco.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o distrito de Muliterno, figura no município de Ciríaco.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Elevado à categoria de município com a denominação de Muliterno, pela Lei Estadual n.º 9.543, de 20-03-1992, desmembrado do município de Ciríaco. Sede no antigo distrito de Muliterno. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.